Sebagai tindak lanjut Ketetapan Majelis Permusyawaratan Rakyat Nomor XI/MPR/1998 dan Undang Undang Nomor 28 Tahun 1999 tentang Penyelenggaraan Negara yang Bersih dan Bebas dari Korupsi, Kolusi, dan Nepotisme, Pemerintah telah menerbitkan Instruksi Presiden Nomor 7 tahun 1999 tentang Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah (AKIP), yang mewajibkan setiap instansi pemerintah tidak terkecuali Badan Pemeriksa Keuangan (BPK), sebagai unsur penyelenggara pemerintahan negara untuk mempertanggungjawabkan pelaksanaan tugas pokok dan fungsinya dalam mengelola segala sumber daya yang dimiliki dan dalam mencapai misi dan tujuan organisasi. Kewajiban untuk menyusun Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah tidak hanya melekat pada BPK sebagai suatu lembaga, tapi juga unsur-unsur pelaksana BPK sebagaimana dinyatakan dalam Peraturan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi Nomor 29 Tahun 2010 tentang Pedoman Penyusunan Penetapan Kinerja dan Pelaporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah Pasal 13 yang menyatakan bahwa instansi yang wajib menyusun laporan akuntabilitas kinerja diantaranya adalah unit organisasi eselon I pada kementerian/lembaga dan unit kerja mandiri yang ditetapkan.
